Czasami z różnych przyczyn – występujących po stronie mamy lub maluszka – konieczna jest rezygnacja z karmienia piersią. Ze względu na stan zdrowia mamy przeciwwskazaniem są: nieleczona gruźlica, zakażenie wirusem HIV,  zakażenie HTLV-1 lub HTLV-2 oraz wirusem Ebola, alkoholizm i narkomania. Czasowo karmienie piersią wyklucza też konieczność wykonania badań obrazowych z użyciem związków radioaktywnych. W przypadku dzieci przeciwwskazaniem do karmienia naturalnego  jest galaktozemia oraz wrodzony niedobór laktozy. Na szczęście wymienione wyżej przeciwskazania pojawiają się bardzo rzadko, a mama i dziecko mogą czerpać korzyści płynące z karmienia naturalnego.